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solexa/454大规模测序数据分析
solexa/454大规模测序数据分析
英文名称:solexa/454 data analysis总访问:5130
国产/进口:国产半年访问:32
产地/品牌:上海敏芯信息科技有限公司产品类别:生物信息软件
型       号:最后更新:2018-7-18
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  • 产品介绍
  • 公司简介

      Illumina/Solexa Genome Analyzer平台及罗氏诊断公司推出Genome Sequencer FLX System (GS FLX)平台作为第二代基因组测序系统,在技术上大有取代传统生物芯片的趋势。目前主要有三种应用:一是ChIP-seq是ChIP-chip的升级版,其精确度和敏感度高。二是RNA-Seq,该技术会在一两年内取代expression microarray作为标准的测量基因表达的技术。还有一个是SNP discovery,我们认为也会很快取代genotyping array成为标准的SNP检测技术。

由于Solexa/454平台产生海量的数据,对后续的生物信息学分析提出了更高的要求,针对这一趋势,本公司利用R语言平台及Matlab平台,开发了一套针对大规模测序平台的数据分析系统,现在可以为客户提供如下分析高级分析服务:

  • 与miRNAs数据库(miRBase)进行比对
  • 将reads定位到基因组,并发掘其在染色体上的分布
  • 通过与ESTs和/或 mRNAs的比对鉴定候选siRNA
  • 通过生物信息学方法鉴定新的候选miRNAs
  • 对sRNA进行归类
  • sRNA的跨物种保守性
  • 预测miRNAs的候选靶向位点
  • 构建不同样品的sRNA表达谱
  • RNA editing
  • Seed seq distribution
  • Viral miRNA mapping
  • Bidirection-microRNA hunting
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